Schuldner der Lohnsteuer ist der Arbeitnehmer. Jedoch hat der Arbeitgeber bei jeder Lohnabrechnung die Lohnsteuer zu berechnen (§ 38 Abs. 3 EStG), vom Bruttolohn einzubehalten und an das zuständige Finanzamt abzuführen (§ 41a EStG). Der Arbeitgeber haftet für die korrekte Einbehaltung und Abführung der Lohnsteuer und kann für zu wenig einbehaltene und abgeführte Lohnsteuer in Anspruch genommen werden (§ 42d EStG).
Die einbehaltene Steuer wird bei einer späteren Einkommensteuerveranlagung als Steuervorauszahlung auf die Einkommensteuer angerechnet.